早在崇基創校之初，學生基督徒團契有感兒童失學之苦，遂於一九五三年暑假開設兒童識字班。及後，團契看到續辦義學的需要，決定創辦「崇基學生基督徒團契平民免費夜校」，得到學院支持，向香港政府教育司署註冊，並於同年十月在崇基西院開學。

夜校初期設小一到小四級，後擴展至小六級，成為一間完整小學。學校採用日校課程，逢周一至周五晚上課，服務共一百三十名學生。一九五六年，夜校隨崇基遷入馬料水新址，招收附近村落農工子弟入學。學生從最初僅十四人，陸續增至七十人。

學校日常運作全由崇基學生負責，學生團契選出一位成員擔任校長，並招募同學出任教職員及分擔校務。在不影響同學功課的前提下，每名教師一星期只授課四節。夜校以開導與鼓勵為教學原則，不施體罰，並設晚會，安排各式活動訓育學生。教師更在試後及假期中進行家訪，從而瞭解學生狀況以便施教。教職員還定期召開會議和退修會，檢討教學，做到學成致用，教學相長。

義學經費及物資由團契籌募，得到崇基教職員、同學及社會各界慷慨捐助。鑑於就學兒童家境貧寒，學校每周都向他們派發奶粉，又請崇基校醫替學童檢查體格，若發現患病者就設法為他們治療。這充分體現同學實踐崇基校聯精神，本著基督博愛之心，致力「有懷胞與，陶鑄人群」。