論到崇基同學最常去的地方，相信少不了圖書館。崇基圖書館始於一九五一年，當時暫借中環聖約翰座堂圖書館。後來學院租用聖公會迎賓館一樓作為第二代圖書館。一九五六年崇基遷入馬料水，由建築師范文照先生設計的第三代圖書館落成，位處現今的行政樓，是一棟兩層高的建築物。不久因應學生增加，學院決定在原馬料水村興建新館，即現今牟路思怡圖書館。

第四代圖書館由建築師周啟謙先生設計，於一九七一年啟用，原設計為地面上兩層，到九十年代再加建一層。圖書館作為崇基師生「智庫」，主要收藏宗教、教育、體育、表演藝術、學院通識教育課程書籍及本港教學資料特藏、還有校史檔案館儲存崇基歷史資料及文物。二○一九年，二樓有一部分改為音樂圖書館，收集黑膠唱片、樂譜和音樂書籍，展出哈佛大學卞趙如蘭教授（1922-2013）捐贈之多件樂器及視聽資料，並附設音樂室和視聽室供同學練習和使用。據統計，這裡每年使用率高達五十多萬人次，是中大最繁忙的圖書館之一。